A legfontosabb különbség a Cosmid és a Phagemid között a benne lévő szekvenciák típusától függ. Egy kozmid tartalmaz egy cos helyet és egy plazmidot. Ezért ez egy hibrid vektor, míg a Phagemid egy plazmid, amely az F1 fág F1 replikációs origóját tartalmazza.
A kozmidokat és a fagemidákat klónozási célokra használják, különösen a nagyobb DNS-fragmensek klónozásához. Ezeket széles körben használják, különösen a különféle fehérjék termeléséért felelős gének klónozásában. A kozmidokat és a fagemidákat vagy önmagukban, vagy plazmidként replikálják, vagy vírusrészecskékbe csomagolják, majd replikálják.
