A legfontosabb különbség az összetett és a nem összetett transzpozonok között az, hogy az összetett transzpozonok két szélső inszerciós szekvenciával rendelkeznek, míg a nem kompozit transzpozonok invertált ismétlésekkel rendelkeznek az oldalsó inszerciós szekvenciák helyett.
A transzpozon egy olyan DNS-fragmens, amely transzlokálódhat a baktérium genomjában. Ezek mobil DNS-szekvenciák. A genom új helyeire költöznek. Ezek a mozgások megváltoztatják a baktériumok genomjának szekvenciáját, jelentős változásokat okozva a genetikai információkban. Ők az átültethető genetikai elemek, amelyek felelősek a baktériumok új genetikai szekvenciáinak létrehozásáért. A transzpozonokat ugró géneknek is nevezik, mert ezek az ugró szekvenciák blokkolhatják a gének transzkripcióját és átrendezhetik a baktérium genetikai anyagát. Sőt, ők felelősek a gyógyszerrezisztencia, az antibiotikum-rezisztencia gének mozgásáért a plazmidok és a kromoszómák között. Kétféle transzpozon létezik, mint összetett és nem összetett transzpozon.
