A legfontosabb különbség a strukturális és funkcionális genomika között az, hogy a strukturális genomika a genomok fizikai természetének tanulmányozása, beleértve a genomok szekvenálását és feltérképezését, míg a funkcionális genomika a genom kifejeződésének és funkciójának tanulmányozása.
A genomika a biológia olyan területe, amely az élő szervezetek felépítésével, szerveződésével, működésével, evolúciójával és a genomok feltérképezésével foglalkozik. Ez magában foglalja a genomok szekvenálását, az organizmus által kódolt fehérjék teljes készletének meghatározását, valamint a gének és az anyagcsere útvonalainak működését egy szervezetben. Egyszerű szavakkal, a genomika egy géncsoport nagyszabású vizsgálata. Ezért a vizsgálatokat a genom szintjén végzik. A strukturális és a funkcionális genomika a genomika két fő ága. A strukturális genomika a genom teljes génkészletének jellemzésére és helyének biztosítására összpontosít. Ezzel szemben a funkcionális genomika a funkcióra és a tulajdonságra összpontosít.
