A legfontosabb különbség a funkcionális csoport és a szubsztituens között az, hogy a funkcionális csoport egy molekula aktív része, míg a szubsztituens olyan kémiai faj, amely egy atomot vagy atomcsoportot helyettesíthet egy molekulában.
A funkcionális csoport és a szubsztituens kifejezéseket gyakran megtalálják a szerves kémia területén. A funkcionális csoport egy bizonyos típusú szubsztituens, amely egy molekula aktivitását okozza. Ez azt jelenti, hogy egy bizonyos molekula reakcióit a funkcionális csoport határozza meg. A szubsztituens azonban lehet aktív vegyi anyag vagy inaktív vegyi anyag.
