A legfontosabb különbség a zászlóshajó és az ernyőfajok között az, hogy a zászlós faj egy olyan faj, amely egy meghatározott élőhely szimbólumaként vagy ikonjaként működik, míg az ernyőfajok sok más faj ökoszisztéma- vagy tájképi megőrzésében közvetett módon részt vesznek.
Egy ökoszisztémában különböző típusú élőlények léteznek. Ezek a fajok különböző típusú folyamatokon keresztül lépnek kapcsolatba egymással, például ragadozással, parazitizmussal, kölcsönösséggel, szimbiózissal és versengéssel. A fajok megőrzése szubjektív lehet, és a fajok állapotának meghatározása nem könnyű. Ezért a megőrzés megkönnyítése érdekében egyes fajok, például ernyőfajok, kulcstartó fajok és zászlóshajó fajok használhatók. Ezekben a fajokban bekövetkezett változások jelzik más fajok állapotát az ökoszisztémában. Ezért megkönnyíti a természetvédelmi döntéseket.
