A legfontosabb különbség a CDS és a cDNS között az, hogy a CDS vagy a kódoló szekvencia a transzkriptum azon része, amely valójában fehérjévé transzlálódik, míg a cDNS-szekvencia egy DNS-szekvencia, amely reverz transzkripcióval származik az mRNS-ből.
A gén egy fehérjét kódoló nukleotidszekvencia. Különböző régiókból áll, mint promoter régió, transzkripció iniciációs hely, exonok, start kodon, intronok és stop kodon. Ezért egy génnek vannak kódoló és nem kódoló szekvenciái is. A kódoló szekvenciák vagy CDS az exonokra és két kodonra vonatkoznak, amelyek start kodon és stop kodon. Ez az a szekvencia, amely valójában fehérjévé alakul. Ezzel szemben a cDNS egy DNS-szekvencia, amely reverz transzkripcióval származik az mRNS-ből.
