A legfontosabb különbség az antigén és a fázis variáció között az, hogy az antigén variáció az a mechanizmus, amely antigénesen különböző fehérjék, szénhidrátok vagy lipidek expressziójára utal a felszínükön, míg a fázis variáció a fenotípus expressziójának nagy és frekvenciájú reverzibilis kapcsolása.
Az antigén és a fázis variáció a kórokozók által alkalmazott kétféle molekuláris mechanizmus a gazdaszervezet immunválaszainak elkerülése érdekében. Összefüggnek egymással. Ezek a mechanizmusok lehetővé teszik a mikrobák, különösen a baktériumok számára, hogy egynél több környezethez alkalmazkodjanak. A fázis és az antigén variáció eredményeként egy klonális baktérium populáció heterogén fenotípusa képződik. Ebben a populációban az egyes sejtek fázisban változó fehérjéket vagy a fehérje több antigén formájának egyikét expresszálják. Ezek a variációk főleg virulencia stratégiák, amelyeket kórokozók hajtanak végre.
