A fordított fázis és a normál fázisú HPLC közötti legfontosabb különbség az, hogy a fordított fázisú HPLC nem poláros állófázist és poláris mobil fázist használ, míg a normál fázisú HPLC poláris állófázist és kevésbé poláros fázist használ.
A normál fázisú HPLC a HPLC legrégebbi technikája, amelyet Tswett alkalmazott a növényi kivonatok szétválasztásakor; krétát használt egy üvegoszlopban. Ez volt a kromatográfia klasszikus módja, amely elvezetett „normál” technikának. A fordított fázisú HPLC viszont ellentétes a normális technikával, amelyet a tudósok az utóbbi időben fejlesztettek ki.
