A legfontosabb különbség az O és a H antigén között az, hogy az O antigén a baktérium felületének legkülső része, míg a H antigén a karcsú szálszerű szerkezet, amely a flagella része.
Az antigének számos baktériumban, gombában, vírusban, porszemcsében és más sejtes és nem sejtes részecskében vannak molekuláris felismerési helyek, amelyeket a gazda immunrendszere felismer. Általában a legtöbb antigén a sejtfelszínen van jelen. Szerkezetileg az antigének lehetnek fehérjék, aminosavak, lipidek, glikolipidek vagy glikoproteinek vagy nukleinsav markerek. Ezek a molekulák specifikusan képesek immunválaszt kiváltani a gazdaszervezetben. Ezt az immunválaszt az antitestek termelésének kiváltása hozza létre megfelelő eredményként.
Az antigéneket általában a baktériumok szerotípus-azonosító rendszerében használják. A szalmonella egy baktérium nem, amelynek sok szerotípusa van. A szerotípusok ugyanazon fajon belüli mikroorganizmusok csoportjai. Ezeket a szerotípusokat O antigén és H antigén kombinációjával lehet megkülönböztetni. Az O antigén egy LPS oldallánc, míg a H antigén a flagella része.
