A legfontosabb különbség az antigén és a kórokozó között az, hogy az antigén idegen anyag, toxin vagy molekula, amely stimulálhatja az immunválaszt annak érdekében, hogy antitesteket termeljen ellene, míg a kórokozó egy szervezet, különösen egy mikroba, amely megfertőzi testünket és betegségeket okoz.
A kórokozók minden idegen szervezet, amely betegségeket okoz a gazdanövényekben és állatokban. Az antigén egy molekula, amely a baktériumok sejtfalában vagy az élőlények bevonatában helyezkedik el. Az antigén hatására immunrendszerünk antitesteket termel ellene, és megvédi testünket a káros idegen organizmusoktól.