A legfontosabb különbség a fluxionalitás és a tautomerizmus között az, hogy a fluxionalitás a molekula egyes vagy összes atomjának cseréjére utal, míg a tautomerizmus a protonok molekulák közötti cseréjére utal.
Mind a fluxionalitás, mind a tautomerizmus az atom (ok) felcserélésére utal különböző pozíciók, például axiális és egyenlítői pozíciók között. Ha ezek a különböző pozíciók ugyanazon a molekulán helyezkednek el, akkor ez a fluxionalitás. De ha a felcserélt atom hidrogénatom (proton), és a pozíciók két különböző molekulában vannak, akkor tautomerizmusnak nevezzük.
