A legfontosabb különbség a prototrópia és a tautomerizmus között az, hogy a prototrópia egy molekula két formáját tárgyalja, amelyek csak egy adott proton helyzetében különböznek egymástól, míg a tautomerizmus két szerkezeti izomer átalakítását tárgyalja atomok vagy kötések áthelyezése révén.
A prototrópia a tautomerizmus egyik formája; ez a tautomerizmus leggyakoribb formája. A tautomerizmus a szerves kémia olyan fogalma, amely leírja az egyik szerkezeti izomer átalakítását egy másik izomerré atomok vagy kötések áthelyezése révén. Ha az áthelyezés a molekula protonjában történik, akkor prototrópiának hívjuk. Ezért ezt a tautomerizmust prototrop-tautomerizmusnak nevezik.
