A legfontosabb különbség az RP HPLC és a HIC között az, hogy az RP HPLC polárosabb mobil fázist és kevésbé poláris álló fázist használ. Míg a HIC hidrofób állófázist használ, amely lehetővé teszi a hidrofób molekulák kapcsolódását hozzá.
A kromatográfia olyan analitikai technika, amely elősegíti a keverék összetevőinek szétválasztását. Először fel kell oldanunk az elválasztandó mintát oldattá. Ezt az oldat-anyag keveréket mobil fázisnak hívjuk. Ezután a mozgó fázist egy másik anyagon vezetik át, az úgynevezett állófázist. Az állófázis meghatározza az alkatrészek elválasztását. A szétválasztás az anyagnak a mobil fázis és az álló fázis közötti megosztása miatt történik.