A legfontosabb különbség a HPLC és a GC között az, hogy a HPLC szilárd állófázist és folyékony mozgófázist használ, míg a GC folyékony állófázist és gáznemű mozgófázist használ.
A HPLC és a GC mindkét módszer a vegyületek keveréktől való elválasztására. Míg a HPLC nagynyomású folyadékkromatográfiára utal, a GC egyszerűen gázkromatográfia. A HPLC tehát folyékony alkotórészekre vonatkozik, de a GC akkor hasznos, ha a vegyületek gázneműek vagy azok a vegyületek, amelyek az elválasztási folyamat során elpárolognak. Mindkettőnek azonban ugyanaz az alapelve, hogy a nehéz molekulák lassabban áramolnak, mint a könnyebbek.
