A fotoszintetikus és a kemoszintetikus baktériumok közötti legfontosabb különbség az, hogy a fotoszintetikus baktériumok a napfényből nyernek energiát a szénhidrátok előállítása érdekében, míg a kemoszintetikus baktériumok a szervetlen anyagok oxidációjából nyernek energiát a szénhidrátok előállítása érdekében.
A organizmusok táplálkozási módjuk alapján kategorizálhatók. Az autotrófok és a heterotrófok két ilyen fő kategória. Az autotrófok előállíthatják saját ételeiket, míg a heterotrófok más élőlényektől függenek, mivel nem tudják előállítani a saját ételüket. Saját táplálékuk vagy szénhidrátjaik előállításához az autotrófok két fő folyamatot alkalmaznak: fotoszintézist és kemoszintézist.
A fotoszintézist a nap energiája, míg a kemoszintézist a kémiai vegyületek, főleg szervetlen anyagok oxidációjából származó energia hajtja. Vannak fotoszintetikus baktériumok és kemoszintetikus baktériumok. A fotoszintetikus baktériumok fotoszintézissel, míg a kemoszintetikus baktériumok a kémiai anyag lebontásával előállítják az ételt.
