A legfontosabb különbség a baktériumok és az eukarióták között az, hogy a baktériumokból hiányzik a valódi mag és a membránhoz kötött organellumok, míg az eukarióták valódi maggal és a membránhoz kötött organellákkal rendelkeznek.
A sejt az összes élő szervezet alapvető funkcionális és szerkezeti egysége. A sejt alapszerkezetétől függően a szervezeteknek két alapvető kategóriája van, nevezetesen a prokarióták és az eukarióták. A prokarióták egysejtű szervezetek, egyszerű sejtszerkezettel. Két fő csoportot foglalnak magukba; Baktériumok és Archaea. Másrészt az eukarióták összetett sejtstruktúrákkal rendelkeznek, jól szervezett sejtekkel. Ezek közé tartoznak protisták, gombák, növények és állatok. Mivel mind a baktériumok, mind az eukarióták élő szervezetek, vannak bizonyos hasonlóságaik, például sejtmembránjuk, riboszómáik, genetikai információt hordozó DNS-ek stb. Ez a cikk rávilágít a baktériumok és az eukarióták közötti különbségre.
