A legfontosabb különbség az anammox és a denitrifikáció között az, hogy az anammox anaerob ammónium-oxidációra utal, amely az ammóniumot és a nitriteket anoxikus körülmények között nitrogéngázzá alakítja. Közben, míg a denitrifikáció a biológiai átalakítási nitrát be N 2 által denitrifikáló baktériumokat.
A nitrogén-ciklus fontos biogeokémiai ciklus amelyben a nitrogén átalakíthatjuk más kémiai formái, mint például NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -A nitrogén körforgásában négy fő folyamat látható. Ezek rögzítés, ammóniálás, nitrifikáció és denitrifikáció. Ezen folyamatok közül sokat mikroorganizmusok hajtanak végre, különösen a talajban jelenlévő baktériumok. Az Anammox a nitrogén körforgás egyik legújabb kiegészítése. Ez az anaerob ammónium-oxidáció folyamata. A baktériumok egy meghatározott csoportja, a planctomycetes, ezt a folyamatot hajtja végre. Van egy speciális organellumuk, az úgynevezett anammoxoszómák, amelyek biztosítják az anammox reakció helyét. Végül azonban mind a denitrifikáció, mind az anammox nitrogéngázt termel.
