A legfontosabb különbség a mitokondrium és a kinetoplaszt között az, hogy a mitokondrium eukarióta sejt organellum, amely energiát termel (ATP). Eközben a kinetoplaszt egy kör alakú DNS hálózata, amely jelen van egy nagy mitokondriumban, konkrétan a Kinetoplastea osztály protozoáiban.
Az eukarióta sejtek különböző típusú sejtorganellákkal rendelkeznek. Ezek a különböző organellák különböző funkciókat látnak el az élő sejten belül. Ezek közül a mitokondrium az egyik membránhoz kötött organellum, amely egy eukarióta sejtben látható. Ők azok az organellák, amelyek felelősek az energiáért (ATP formájában) a sejtekben. Ezért őket a cella erőműveinek tekintik. A mitokondriumok saját genommal rendelkeznek, amely körkörös DNS-t öröklődik anyai úton. A Kinetoplast a kör alakú DNS hálózata, amely a Kinetoplastida osztályba tartozó organizmusok nagy mitokondriumában látható. Ezért a kinetoplasztok csak ebben az eukarióta aldomainben láthatók.
