A komplementáció és a rekombináció közötti legfontosabb különbség az, hogy a komplementáció két mutáns együttes képessége a normális fenotípus helyreállítására, míg a rekombináció a genetikai anyag cseréje a kromoszómák között, ami fizikai változásokat eredményez a kromoszómákban.
A komplementáció és a rekombináció két olyan fogalom, amelyek genetikailag különböző organizmusokat termelnek. A komplementáció helyreállítja a normális fenotípust, amikor két mutáns kombinálódik, míg a rekombináció egy olyan szervezetet eredményez, amelynek genetikai összetétele megváltozott a genetikai anyag organizmusok közötti cseréje miatt.