A legfontosabb különbség az endoszimbiózis és a szimbiózis között az, hogy az endoszimbiózis egy olyan elmélet, amely leírja, hogy a mitokondriumok és a kloroplasztik miként léptek be az eukarióta sejtekbe, míg a szimbiózis két különböző élő faj közötti hosszú távú kölcsönhatás.
Az ökoszisztémában lévő szervezetek különböző módon hatnak egymásra. A szimbiózis egy kölcsönhatás, amely két különböző faj között él együtt. Néhány interakció mindkét fél számára előnyös, míg egyes interakciók semlegesek maradnak. Néhány más interakció azonban káros az egyik félre, különösen a gazdaszervezetre nézve, míg a másik fél a gazda kárára részesül előnyökben. Láthatjuk az ilyen típusú kölcsönhatásokat egy ökoszisztémában. Az ilyen típusú kölcsönhatások azonban létfontosságúak az ökoszisztéma stabilitása szempontjából. Az endoszimbiózis viszont egy olyan elmélet, amely megmagyarázza az eukarióta sejt eredetét egy prokarióta sejtből.
