A prokarióták és az eukarióták genetikai anyaga között a legfontosabb különbség az, hogy a prokarióták genetikai anyagai a citoplazmában lebegnek, mivel nincs magjuk, míg az eukarióták genetikai anyaga a magban található. Egy másik fontos különbség az, hogy a prokarióták kis genommal rendelkeznek, és plazmidokat tartalmaznak. Ezenkívül nagy tekercselt kettős szálú körkörös kromoszómájuk is van, míg az eukarióták genomja nagyobb, és nem rendelkeznek plazmidokkal.
A prokarióták és az eukarióták kétféle organizmus. A baktériumok és az Archaea prokarióták. A prokarióták egyszerű sejt-szerveződéssel rendelkeznek. Nincs magjuk és valódi szervsejtjeik. Másrészt az eukariótáknak összetett sejtszervezetük van, membránhoz kötött maggal és valódi organellákkal. A gombák, protiszták, növények és állatok eukarióták.
