A legfontosabb különbség a prokarióta és az eukarióta DNS között az, hogy a prokarióta DNS szabadon lebeg a citoplazmában, míg az eukarióta DNS a sejtmagban helyezkedik el.
Az élő szervezeteknek két fő kategóriája van, például a prokarióták és az eukarióták. Cellaszervezetükben különböznek egymástól. Ennek megfelelően a prokariótáknak egyszerű sejtszerveződésük van. Hiányzik belőlük a mag és a membránhoz kötött organellák. Másrészről az eukarióták összetett sejtszerveződéssel rendelkeznek. Valódi magjuk van, amely DNS-t és membránhoz kötött sejtorganellákat tartalmaz. Az összes prokarióta egysejtű, míg az eukarióták egy- vagy többsejtű szervezetek. A prokarióták és az eukarióták főleg DNS-genomokat tartalmaznak. DNS-jüket kromoszómákba csomagolják. Mivel a prokariótáknak nincs magja, DNS-e szabadon lebeg a citoplazmában. Az eukariótákban azonban a kromoszómák a mag belsejében helyezkednek el. Ezért a magmembrán az összes eukarióta DNS-t körülveszi.
