A legfontosabb különbség a flagella és a csilló között az, hogy a flagella hosszú és sejtenként egy-nyolc között van, míg a csilló rövid és sejtenként több száz.
A Cilia és a Flagella apró szerkezetek kapcsolódnak az eukarióta és a prokarióta sejtekhez. Kiemelkednek sejtjeik felszínéről. Ezek a struktúrák segítenek az egysejtű szervezetek mozgásában. Ennek megfelelően főként mikrotubulusoknak vagy alaptesteknek nevezett fehérjéket tartalmaznak. Az egysejtű eukarióta organizmusok esetében mind a csilló, mind a flagella létfontosságú a mozgás szempontjából. Másrészről, többsejtű organizmusokban a csillók és a flagellák segítik a folyadékok és egyéb anyagok mozgását a testcsövek mentén, miközben egy sejt vagy sejtcsoport mozgatásának funkcióját látják el. Van azonban némi különbség a flagella és a csilló között; Különösen különböznek egymástól a sejtek hossza, mérete, megjelenése és típusa szerint, amelyekhez kapcsolódnak.
