A legfontosabb különbség a molekula és az atom között az, hogy a molekula két vagy több atom kombinációja kémiai kötés útján, míg az atom olyan egyedi kémiai faj, amely egymással kombinálódva molekulákat és ionokat képezhet.
A világon minden anyag atomokból és molekulákból áll, ezért ezeket a bolygónknak, beleértve minket is, mindennek építőelemeként tekinthetjük. Laikus szavakkal elmondhatjuk, hogy minden kémiai elem legalapvetőbb és egyben legkisebb egysége egy atom. A kémiai elem egy atomfaj. Például az oxigéngáz legkisebb egysége az oxigénatom; O betűvel ábrázolhatjuk. Ez az oxigénatom azonban nem létezik függetlenül, és csak akkor válik stabilá, ha kémiailag kombinálódik egy másik oxigénatommal. Ezután molekulává válik, és O 2 kémiai képlettel képviselhetjük.
