Az aerob és anaerob mikroorganizmusok közötti legfontosabb különbség az oxigénigény a túlélő aerob mikroorganizmusokhoz, míg az anaerob mikroorganizmusoké nem. Vagyis az aerob mikroorganizmusok oxigént igényelnek az elektron elfogadójaként az aerob légzés során, míg az anaerob mikroorganizmusok nem igényelnek oxigént sejtlégzésükhöz.
Az oxigénre adott válasz a mikroorganizmusok aerob és anaerob osztályozásának alapja. Emiatt ezek a mikroorganizmusok különböző tulajdonságokkal rendelkeznek, hogy a sejtlégzés során elvégezhessék funkcióikat. Ezért az aerob mikrobák aerob légzést, míg az anaerob mikrobák anaerob légzést hajtanak végre.
