A legfontosabb különbség a biológiai óra és a cirkadián ritmus között az, hogy a biológiai óra egy organizmus veleszületett időzítő eszköze, amely olyan specifikus molekulákból áll, amelyek kölcsönhatásba lépnek az egész test sejtjeivel, míg a cirkadián ritmus fizikai, mentális és viselkedési változás, amely napi ciklust követ.
Éjszaka álmosnak érezzük magunkat, de energikusak vagyunk és ébren maradunk egész nap. Ennek oka a cirkadián biológiai óra. A biológiai óra a velünk született időzítő eszközünk, amelyet agyunk irányít. A cirkadián ritmus természetes és belső folyamat, amely nagyjából 24 óránként megismétlődik. A cirkadián ritmus befolyásolhatja az alvás / ébrenlét ciklusát. Testünk minden szövete és szerve biológiai óra és cirkadián ritmus szerint működik. A cirkadián órarendszer létfontosságú szabályozó tényező testünk szinte minden fiziológiai tevékenységében. A cirkadián órarendszer zavarai súlyos következményeket okozhatnak az emberi egészségre.