A tranziens és a kiegyensúlyozott polimorfizmus közötti legfontosabb különbség az allélok viselkedésén alapul. Az átmeneti polimorfizmus a gén egyik alléljának progresszív helyettesítése egy másik alléllal, míg a kiegyensúlyozott polimorfizmus a gén mindkét két különböző alléljának fenntartása az idő múlásával
A genetikai polimorfizmus egy adott DNS egy vagy két vagy több változata. Az átmeneti és kiegyensúlyozott polimorfizmus a polimorfizmus két típusa, amely egy gén két alternatív alléljának köszönhető. Átmeneti polimorfizmusban az adott lokusz két alternatív alléljából az egyik allélt fokozatosan helyettesíti egy másik. A kiegyensúlyozott polimorfizmusban a két allél egyensúlyban van egymással. A gén mindkét változata fennmarad a populációban.
