A fő különbség az energiaáramlás és az anyagforgalom között az, hogy az energiaáramlás megmutatja az energiaátvitelt az egyik tápláléklánc egyik trofikus szintjéről a következőre, míg az anyagforgalom az elemek áramlását vagy ciklusát mutatja az ökoszisztémák élő és nem élő részein keresztül.
Az energia egy ökoszisztémában áramlik az élelmiszerláncokon keresztül. Hasonlóképpen, az elemek a Föld különböző részein keringenek. A nap az ökoszisztémák többségének energiaforrása. Az őstermelők a napfény energiáját szénhidrátokká rögzítik. A fogyasztók, különösen a növényevők, a termelők által előállított élelmiszereket fogyasztják. Ekkor a húsevők és a mindenevők a növényevőktől függenek. Hasonlóképpen, az energia különböző trofikus szinteken keresztül áramlik. Ugyanakkor az anyag újrafeldolgozódik különböző folyamatokon keresztül. Valójában mind az energia, mind az anyag egyik táplálékláncban mozog egyik organizmusról a másikra.
