A legfontosabb különbség a CRISPR és a CRISPR Cas9 között az, hogy a CRISPR (rendszeresen fürtözött, interspace rövid rövid palindróm ismétlés) egy természetesen előforduló prokarióta immunvédelmi mechanizmus, míg a CRISPR cas9 egy RNS-vezérelt Cas9 nukleáz, amely a CRISPR adaptív immunrendszer része.
A CRISPR egy antivirális védekező immunrendszer, amely megtalálható a baktériumokban és az archeákban. A baktériumgenomban található DNS-szekvenciák családja. Távtartó szekvenciákból áll, amelyek bakteriofágok DNS-fragmenseiből származnak, amelyek korábban megfertőzték őket. A későbbi vírusfertőzések során a baktériumok ezeket a szekvenciákat használják a vírus DNS elpusztítására. A CRISPR szekvenciák rövid palindrom ismétléssel és távtartó szekvenciákkal rendelkeznek. Ezenkívül a CRISPR ismétlődő spacer szekvenciák gyakran társított génekkel rendelkeznek, amelyek Cas fehérjéket kódolnak. A Cas9 egy RNS-vezérelt endonukleáz. A CRISPR szekvenciákkal együtt a Cas9 fehérje adaptív immunrendszerként működik a baktériumokban a bakteriofágok ellen.
