A legfontosabb különbség az UTR és az intron között az, hogy az UTR egy nem kódoló nukleotidszekvencia, amely az érett mRNS-szekvenciába tartozik, míg az intron egy olyan szekvencia, amely nem szerepel az érett mRNS-molekulában.
Az UTR vagy a nem transzlált régió egy nem kódoló szekvencia, amely megtalálható az mRNS-molekulában. Az mRNS-szekvencia mindkét oldalán egy UTR-t láthatunk. Ezért két UTR van, mint 5'UTR és 3'UTR. Ezzel szemben az intron egy nem kódoló szekvencia, amely a gén exonjai között található. Az mRNS készítésekor az intronok megszakadnak. Ezért az intronok nem láthatók az mRNS-szekvenciában. Az UTR és az intron azonban az eukarióta genomok fontos elemei.
