A legfontosabb különbség a genocopy és a phenocopy között az, hogy a genocopiákban a fenotípusok hasonlóságot mutatnak és a genotípus megváltozik, míg a phenocopy esetében a fenotípusok változnak, és a genotípus változatlan marad.
A genocopy és a phenocopy közötti különbség szerepet játszik a genetika ritka előfordulásának magyarázatában. A két koncepció bemutatja, hogy a hagyományos genetika vagy a mendeli genetika hogyan változhat a jellegű kivételektől függően. A genocopy arra a jelenségre utal, hogy hasonló fenotípus adható annak ellenére, hogy más genotípusa van. Ezzel szemben a fenokópia arra a jelenségre utal, hogy változó fenotípusok vannak annak ellenére, hogy a genotípus változatlan marad.
