A legfontosabb különbség a homodimer és a heterodimer között az, hogy a homodimer két azonos fehérjéből, míg a heterodimer két különböző fehérjéből készült fehérje.
A fehérje egy aminosavláncokból álló biomolekula. A fehérje dimer egy kvaterner fehérjeszerkezet, amely két fehérje monomer vagy két aminosav lánc egyesülésével jön létre. Általában nem kovalens kötésekkel kötődnek egymáshoz. A fehérje dimerek vagy homodimerek, vagy heterodimerek. A homodimer két azonos fehérjével rendelkezik, amelyek nem kovalensen kötöttek. A heterodimer két különböző fehérjét köt össze. Ez a fehérje dimer kölcsönhatás fontos a szabályozásban és a katalízisben.
