A genetikai térkép és a kapcsolódási térkép közötti legfontosabb különbség a feltérképezési folyamat során használt gének típusa. A genetikai térkép az adott kromoszómán található összes génből áll, míg a kapcsolódási térkép egy adott kromoszómán található kapcsolt génekből áll.
A genetikai térkép és a kapcsolódási térkép kétféle kromoszóma-térkép, amely a kromoszómákon található géneket szemlélteti. A genetikai térkép az összes gént mutatja, míg a kapcsolódási térkép csak a kapcsolt géneket mutatja. Mindkettő nagyon hasznos a genetikai betegségek és rendellenességek diagnosztizálásában. Ezen kívül genetikai és összekapcsolási térképek segítségével is kimutathatók a kromoszóma-rendellenességek. Az összekapcsolási térképek további képet adnak az egyes gének evolúciójáról.
