A véletlenszerű és a beolvasott X inaktiválás közötti legfontosabb különbség az, hogy a véletlenszerű X inaktiválás egy apai vagy anyai X kromoszóma inaktiválása azonos valószínűséggel az epiblasztban a gasztruláció ideje alatt, míg az X jelű inaktiválás az apai eredetű X nem véletlenszerű X inaktiválása kromoszóma az emlősök extraembrionális szöveteiben.
Az X inaktiváció nőstény emlősöknél megfigyelhető folyamat. A nőstények általában két X kromoszómával rendelkeznek. Női emlősökben pedig egy X kromoszóma inaktívvá válik. Más szavakkal, egy X kromoszóma transzkripcióval inaktív struktúrává válik. Amint ez bekövetkezik, ez a bizonyos X kromoszóma inaktív marad a sejt és utódainak élettartama alatt a szervezetben. Ezenkívül az inaktivált X kromoszóma kompakt szerkezetbe kondenzálódik, az úgynevezett Barr-test, és stabilan csendes állapotban van. Az X inaktiválási folyamat két nem kódoló komplementer RNS kontrolljától is függ. Az X inaktiváció azonban nem történik meg olyan hímeknél, akiknek csak egy X kromoszómája van. Sőt, az X inaktiválása véletlenszerűen vagy a lenyomat miatt következhet be.
