A legfontosabb különbség az X inaktiválás és a genomi imprinting között az, hogy az X inaktiválás az a folyamat, amelynek során egyes nőknél az X kromoszóma egy példánya inaktiválódik, míg a genomi imprinting az eredet szülőjétől függ, és ez az a folyamat, amelyben az a gének differenciáltan expresszálódnak.
Az X inaktiválás és a genomi imprinting két olyan folyamat, amelyek monoalelikus expresszióhoz vezethetnek. Egyszerű szavakkal, mindkét jelenség egy gén egy példányának kikapcsolását okozza. A genomi lenyomatok specifikus génekben játszódnak le, míg az X inaktiváció a gének inaktiválását okozza az egész X kromoszómában. Mindkét folyamat azonban csökkent gén expressziót eredményez.
