A fagolizoszóma és a fagoszóma közötti fő különbség az, hogy a fagolizoszóma egy citoplazmatikus test, amelyet egy fagosoma és egy lizoszóma fúziója képez. Eközben a fagosóma egy vezikulum, amely a fagocitózis során a fagocita sejtek által elnyelt részecskék körül képződik.
A fagocitózis egy védekező mechanizmus, amelyet bizonyos sejtekben vagy organizmusokban használnak az idegen részecskék eltávolítására a testből. A fagociták azok a sejtek, amelyek fagocitózist hajtanak végre. A fagociták a fehérvérsejtek típusai, különösen a vérben jelen lévő neutrofilek, monociták és makrofágok. Ezek a sejtek megvédik a testet idegen részecskék, például baktériumok, toxinok, elhalt és haldokló szomatikus sejtek stb. Kimutatásával. A fagociták elnyelik és elpusztítják őket. A fagocitózis egyfajta endocitózis. A fagocitózis révén a szilárd részecskék egy fagosómának nevezett struktúrába internalizálódnak. Amint csapdába esnek a fagosomában, összeolvadnak a lizoszómákkal és fagolizoszómákat alkotnak. Ezután a lizoszóma-hidroláz enzimeket felhasználva a fagoszóma belsejében lévő részecskék lebomlanak és elpusztulnak.
