A tiocianát és az izotiocianát között az a fő különbség, hogy a tiocianát egy olyan funkcionális csoport, amelyben az alkil- vagy arilcsoport a kénatomon keresztül kapcsolódik, míg az izotiocianát a tiocianát kötő izomerje, amelyben az alkil- vagy arilcsoport a nitrogénatomon keresztül kapcsolódik.
A tiocianát és az izotiocianát funkcionális csoportok, amelyek szén-, nitrogén- és kénatomokat tartalmaznak. Ezeknek a funkcionális csoportoknak azonos az atomok összekapcsolhatósága. Vagyis a szénatom a közepén van, míg az oldalán nitrogén- és kénatomok kapcsolódnak. Ezen atomok kémiai kötése azonban különbözik egymástól.
