A legfontosabb különbség az ortológ és a paralóg gének között az, hogy az ortológ gének azok a homológ gének, amelyek különböző fajokban megtalálhatók a speciáció miatt, és ugyanazt a funkciót látják el. Ezzel szemben a párhuzamos gének azok a gének, amelyek egyetlen fajon belül találhatók meg a duplikáció miatt, és különböző funkciók lehetnek.
A homológia a közös ősből való leszármazás folyamata. Ezért a homológ gének a közös ősgénekből származnak. Az ortológ és a paralóg gének a homológ gének két típusa. Az ortológ gének különböző fajokban találhatók. Specifikáció miatt fejlődtek, és hasonló funkciót tölthetnek be. Ezzel szemben a paralóg gének egyetlen fajon belül találhatók meg. Genetikai duplikáció eredményei, és különböző funkciók lehetnek.
