A legfontosabb különbség a protomerek és a kapszomerek között az, hogy a protomerek az oligomer fehérjék szerkezeti egységei, míg a kapszomerek a fehérjék, amelyek protomerekből állnak, amelyek a vírus kapszidjának szerkezeti alegységei.
A vírus egy intracelluláris kötelező parazita, amely fertőző részecske. A kapszid a vírusrészecske két fő alkotóelemének egyike. Ez egy fehérjebevonat, amely körülveszi és megvédi a vírusgenomot. A kapszid protomereket tartalmaz, amelyek az oligomer fehérjék szerkezeti egységei. A kapszomer a víruskapszid strukturális alegysége, és egységként több protomer aggregációja. Így a protomerek összerakódnak, és kapszomer képződnek, a kapszomerek pedig összerakódva kapszidot képeznek.
