A legfontosabb különbség a mikronukleus és a makronukleus között az, hogy a mikronukleus a kisebb mag, amely a csillóalakú protozoonok csíravonal genomját tartalmazza, míg a makronukleusz a legnagyobb mag, amely a csillóalakú protozoonok szomatikus genomját tartalmazza.
A nukleáris dimorfizmus az a jelenség, hogy ugyanazon a sejten belül két különböző típusú mag található. Különleges jellegzetesség a protozoon ciliákokban és néhány foraminiferában. Ez a két mag a makronukleus és a micronucleus. Külön genomokat tartalmaznak. A makronukleus a nagyobb, amely a csillóalakú protozoonok anyagcseréjét szabályozza, míg a mikronukleus a kisebbik, amely reproduktív funkciókat lát el és generálja a makronukleuszokat.
