A gén és az allél közötti legfontosabb különbség az, hogy a gén egy specifikus nukleotidszekvencia, amely egy specifikus fehérjét kódol, míg az allél egy gén egyik változata, vagy a domináns vagy a recesszív variáns.
A gén az öröklődés alapvető egysége. Pontosabban, pontos nukleotidszekvenciája van, amely egy adott fehérjemolekulát kódol, amely egy adott tulajdonságot ad. A gének a szülőktől az utódokhoz kerülnek. Ezért a genetikai információkat, amelyek a szervezet teljes működéséhez szükségesek, gének formájában tárolják. Emellett az egyik kromoszómának sok génje van. Ezért egy adott génnek egy meghatározott helye van a kromoszómában, amelyet lokusznak nevezünk. Általában egy génnek két alternatív formája van, az úgynevezett allél. Egyszerű szavakkal, az allélek a gének variánsai, vagy a domináns, vagy a recesszív variáns. A kromoszóma testvérkromatidáival azonos szinten helyezkednek el.
