A legfontosabb különbség a homológ struktúrák és a vestigiális struktúrák között az, hogy a homológ struktúrák azok az anatómiailag hasonló struktúrák, amelyek megtalálhatók a különböző organizmusokban, amelyeknek közös az őse, míg a vestigiális struktúrák azok az anatómiai struktúrák, amelyek elvesztették hasznosságukat egy szervezet számára.
A homológ struktúrák a vestigiális struktúrák kétféle anatómiai struktúra, amelyek evolúciós szempontból fontosak. A homológ struktúrák hasonló szerkezetek vannak jelen a különböző organizmusokban, amelyek közös ősöktől származnak. Ezzel szemben a vestigiális struktúrák olyan struktúrák, amelyek már nem használhatók az organizmusok számára, és csökkentett méretűek.