A legfontosabb különbség az ammónia és az ammónium között az, hogy az ammónia egy töltés nélküli poláris molekula, amely szobahőmérsékleten gázként létezik, míg az ammóniumionok töltve vannak, és oldatban szabad ionokként vagy kristályos sóvegyületekként léteznek.
Kevés olyan kép és még bizonyos szag van, amelyet elménk azonnal társít ammóniához vagy ammóniumhoz; ide tartoznak a műtrágyák, a nitrogénes hulladékok, a szappanok és még a robbanóanyagok is. Sőt, a legtöbb ember feltételezi, hogy nincs különbség az ammónia és az ammónium között. E kettő közötti nagy hasonlóság, valamint az ammónia szó gyakrabban történő használata általános kifejezésként a tiszta ammónia és az ammóniumvegyületek számára az okozza ezt a zavart.
