A kvaterner ammónium és az ammónia közötti fő különbség az, hogy a kvaterner ammónia molekula központi nitrogénatommal rendelkezik négy alkilcsoporthoz kötve, míg az ammónia molekula egy nitrogén centrumot tartalmaz három hidrogénatomhoz kötve.
A kvaterner ammónium egy kation, amely egy normál ammónia molekulából származik. Itt az ammónia molekula három hidrogénatomja hasonló vagy különböző alkilcsoportokkal van helyettesítve, és van egy extra alkilcsoport, amely a nitrogénatomhoz magányos elektronpárján keresztül kapcsolódik.
