A szilárd halmazállapotú fermentáció és az alámerített fermentáció közötti legfontosabb különbség az, hogy a szilárd állapotú fermentáció során mikroorganizmusokat kell termeszteni alacsony nedvességtartalmú szilárd szubsztráton, míg a merített fermentáció során mikroorganizmusokat kell folyékony közegben tenyészteni, amelynek víztartalma meghaladja a 95% -ot..
A mikroorganizmusok számos iparágban hasznosak. A baktériumok és gombák különösen sokféle alkalmazást kínálnak az iparban. A mikroorganizmusokat az ipari fermentációs folyamat során nagymértékben kell szaporítani, hogy a mikrobiális anyagcseréből származó szükséges termékeket kinyerjék. A szilárd halmazállapotú fermentáció és az alámerített fermentáció a fermentáció két fő típusa, amelyek elősegítik az enzimek ipari előállítását. Szilárd halmazállapotú fermentációban a fermentációt szilárd szubsztrátumon tenyésztett mikroorganizmusok, míg a merített fermentációban a folyékony közegben növesztett mikroorganizmusok végzik. Mindegyik módszernek vannak előnyei és hátrányai is.