A legfontosabb különbség a domináns és a recesszív allél között az, hogy a domináns allélek azok az allélok, amelyek a fenotípust adják, elfedve a többi fenotípust, míg a recesszív allélok azok az allélok, amelyeket a domináns allél elnyom.
Általában a kromoszóma számos gént tartalmaz, és meghatározott helyeken léteznek. Ha a homológ kromoszómákban ugyanazon a helyen vannak gének, akkor azt mondják, hogy ugyanaz a lókuszuk. Mivel az anyai és az apai kromoszóma ugyanazon lokuszain vannak, ezek a gének ugyanazon vonással rendelkeznek. Ezek egy gén alternatív formái; ezeket az allélokat hívjuk. Az allélek lehetnek dominánsak vagy recesszívek. Egy domináns allél mindig megadja az általa kódolt fenotípust, míg a recesszív allél csak akkor adja meg a fenotípust, ha az jelen van a homozigóta állapotban. Valójában a dominancia és a recesszivitás két allél fenotípusos összefüggése.