A kromatin és a kromoszómák közötti legfontosabb különbség az, hogy a kromatin kibontott és kibontott DNS, amely DNS és hiszton fehérjék komplexeként létezik, míg a kromoszómák tartalmazzák a DNS kettős spirál legmagasabb kondenzált szerkezetét a leánysejtek közötti genetikai anyag megfelelő elválasztásához.
A kromatin és a kromoszóma a DNS kettős spiráljának két kategóriája, amelyek a sejt különböző szakaszaiban vannak jelen. Létfontosságú, hogy a sejt genetikai információit tároló teljes DNS-t az eukarióta magba csomagoljuk. Ennélfogva a kromatin a csomagolt DNS szokásos formája a sejtben. Másrészt a kromoszómák a sejtben a sejtosztódás során a legfontosabb szerkezetek, és a genetikai anyagot DNS formájában tartalmazzák. Ennek oka, hogy az örökletes információk nemzedékről nemzedékre továbbításáért felelősek. Kétféle kromoszóma létezik, mint autoszómák és nemi kromoszómák. A nemi kromoszómák fontosak a nemek meghatározásában, míg az autoszómák meghatározzák a többi jellemzőt. Általában a kromoszómák a sejtosztódás metafázisában jelennek meg.
