A legfontosabb különbség a plazmid és a kromoszóma között az, hogy a plazmid egy kör alakú kettős szálú extra-kromoszómális DNS-szerkezet, míg a kromoszóma egy jól szervezett szálszerű szerkezet, amely a fehérjékkel szorosan tekercselt genomi DNS-t tartalmaz.
A baktériumsejt tartalmaz egy kromoszómát és számos extra-kromoszómális DNS-kört, amelyeket plazmidoknak neveznek. A baktériumok kromoszómája tartalmazza a baktériumok genomi DNS-ét. Ezenkívül az eukarióta genomi DNS kromoszómaként is létezik. Az emberi genom 46 kromoszómával rendelkezik. Általában a plazmidok jelen vannak a baktériumokban és az archeákban. Noha a baktériumoknak vannak plazmidjai, a plazmidok nem tartalmazzák azokat a géneket, amelyek nélkülözhetetlenek a baktériumok túléléséhez és fő funkcióikhoz. A plazmidok azonban számos olyan gént tartalmaznak, amelyek további előnyöket nyújtanak a baktériumok számára, mint például az antibiotikumokkal szembeni rezisztencia, az aszálytűrés, a herbicid-rezisztencia stb.
