A legfontosabb különbség a gyarmatosítás és a fertőzés között az, hogy a gyarmatosítás a mikroba megtelepedésének folyamata a test szöveteiben, míg a fertőzés a mikrobák által a test szöveteibe történő behatolás folyamata, amely a betegség tüneteit okozza.
A mikrobák patogenitása egy teljes biokémiai és strukturális folyamat, amelyet az a teljes mechanizmus határoz meg, amelyben a mikroorganizmus okozza a betegséget. Például a baktériumok patogenitása összefüggésbe hozható a baktériumsejt különböző komponenseivel, például kapszulával, fimbriákkal, lipopoliszacharidokkal (LPS) és más sejtfal-komponensekkel. Társíthatjuk olyan anyagok aktív szekréciójához is, amelyek károsítják a gazda szöveteket, vagy megvédik a baktériumokat a gazda védekezésétől. A kolonizáció és a fertőzés a mikrobiális patogenitás két fogalma. A mikrobiális patogenitás első szakasza a kolonizáció. Úgy ismert, mint a kórokozó helyes megalapozása a gazdaszövetekben. Éppen ellenkezőleg, a fertőzés a kórokozó által a test szöveteinek behatolása a betegség előidézésére.
