A legfontosabb különbség az asszimiláló és a disszimiláló szulfát redukció között az, hogy az asszimiláló szulfát redukciója végtermékként ciszteint, míg a disszimiláló szulfát redukció végtermékként szulfidot eredményez.
A szulfát redukció az egyik fő anaerob légzési út. Ezenkívül néhány anaerob körülményektől függő mikroba képes a szulfátok redukciójára az energia megszerzése érdekében. Ezenkívül két fő út van, amelyben a szulfátok redukálódnak; ezek az asszimilációs és a disszimilációs útvonalak. Ebben az asszimilációs folyamatban a szulfát redukciója végső termékként a ciszteint eredményezi, amely asszimilálható élő organizmusokban, például növényekben és magasabb eukariótákban. Éppen ellenkezőleg, a szulfát redukciójának disszimilációs útja végtermékként szulfidot eredményez. Ennélfogva az asszimiláló és disszimiláló szulfát redukció között a legjelentősebb, megkülönböztethető különbség az egyes termékek végtermékének típusa.
